目的 探讨去整合素金属蛋白酶12(a disintergin and metalloprotease 12,ADAM12)、黏蛋白3A(mucin 3A,MUC3A)和黏蛋白17(mucin 17,MUC17)基因在胃癌中的表达及生存预后关系。
方法 收集癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因表达谱交互分析2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2, GEPIA2)数据库信息,采用R 4.2.2和SPSS软件分析ADAM12、MUC3A和MUC17基因在胃癌中的差异性表达、生存预后关系、泛癌表达,以及不同临床病理特征与基因表达量之间的相关性。通过人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库分析三种基因在正常组织中的表达水平。利用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集分析评估三种基因在胃癌中的潜在功能。采用实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,q-PCR)进一步验证肿瘤组织与癌旁组织中ADAM12、MUC3A和MUC17的表达情况。
结果 生物信息学及q-PCR结果显示,ADAM12、MUC3A和MUC17在正常组织中表达量较低,在胃癌组织中表达量均被上调(P<0.05),且ADAM12在胃癌中伴随着不良预后(P<0.05)。三种基因在肿瘤相关通路富集,与胃癌的发生发展有关。
结论 ADAM12、MUC3A和MUC17在胃癌中高表达,其中ADAM12是胃癌预后的影响因素。三种基因参与肿瘤的进展,均有可能成为胃癌潜在的治疗靶点。
胃癌(gastric cancer,GC)主要起源于胃最表层的腺体或黏膜,是消化系统常见的恶性肿瘤,也是全球第五大最常见癌症和第四大癌症死亡原因,具有起病隐匿、易转移和预后差等特点[1-2]。尽管外科手术技术不断进步,新的化疗方案不断改进,但GC患者的五年生存率仍低于30%[3]。近年来,免疫治疗和靶向治疗在肿瘤治疗领域取得了重大进展。然而,针对GC的靶向药物选择仍非常有限[4]。因此,寻找有效的新型肿瘤抗原靶点具有重要意义。去整合素金属蛋白酶12(a disintergin and metalloprotease 12,ADAM12)是一种具有多个功能结构域的重要跨膜糖蛋白,具有蛋白水解活性,与癌症等多种疾病的发生和发展密切相关[5-7]。黏蛋白3A(mucin 3A,MUC3A)属于膜相关黏蛋白,含有作为O-糖基化支架的胞外结构域,在癌细胞的迁移和侵袭中发挥重要作用[8-9]。黏蛋白17(mucin 17,MUC17)作为膜结合黏蛋白基因的一种,参与了多种细胞信号转导过程,并且可能与癌症发病机制有关[10]。然而,三种基因在GC中的表达及生存预后尚不明确。本研究旨在探讨ADAM12、MUC3A和MUC17在GC中的表达水平、生存预后关系及潜在功能,为GC临床治疗靶点的研究提供参考。
1 资料与方法
1.1 数据来源
RNA-Seq数据均来源于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库(https:// www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga),共获取407例GC患者的临床信息数据以及ADAM12、MUC3A和MUC17基因的mRNA表达数据。
1.2 临床样本收集
组织样本取自武汉大学中南医院胃肠外科确诊的GC患者,共收集了16例GC患者的肿瘤组织及邻近正常胃组织。本研究获得武汉大学中南医院医学伦理委员会批准(2019165),患者被告知研究目的、标本内容和潜在风险,并签署了知情同意书。
1.3 实时荧光定量PCR
采用Trizol法提取组织标本总RNA,微量分光光度计检测RNA浓度及纯度,使用Evo M-MLV反转录试剂盒(Thermo Fisher, MA,USA)将mRNA逆转录成cDNA后,在CFX96实时PCR检测系统中使用SYBR Green试剂(MCE)配置体系进行q-PCR。采用2-ΔΔCT法计算ADAM12、MUC3A和MUC17基因与GAPDH的相对表达水平。引物由北京擎科生物技术有限公司(中国北京)合成,序列见表1。
1.4 生物信息学分析
从TCGA数据库中获取375例GC样本和32例正常组织样本。采用R 4.2.2软件绘制差异表达基因火山图,以|log2 fold change(logFC)|>1.0,校正后的P值(Padj)<0.05作为差异基因筛选标准。从基因表达谱交互分析2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2,GEPIA2)数据库(http://gepia2.cancer-pku.cn/#general)中获取生存预后分析曲线及基因泛癌表达情况。利用人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库(https://www.Proteinatlas.org/)分析基因在正常组织中的RNA表达水平。基于TCGA数据库信息,将GC样本中三种基因表达量根据中位数进行分组并获取差异表达基因,采用R 4.2.2软件对差异基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集分析并绘图。GO功能富集分析用于评估生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞成分(cellular component,CC),KEGG分析用于检查富集通路。
1.5 统计学方法
统计学分析采用R 4.2.2、SPSS 26.0和GraphPad Prism 9软件,临床病理特征比较采用χ2检验或Fisher精确检验,组间比较采用独立样本t检验。以P<0.05为差异具有统计学意义。
2 结果
2.1 ADAM12、MUC3A和MUC17在GC中的表达
如图1-A所示,ADAM12、MUC3A 和MUC17在GC组织中表达上调。为分析ADAM12、MUC3A及MUC17对GC患者总生存期(overall survival,OS)的影响,利用GEPIA2数据库分析 结果显示,ADAM12与GC患者的OS呈负相关关系,其表达量增加会导致患者预后不良。而MUC3A和MUC17的表达与GC患者的OS的相关性无统计学意义(P>0.05)(图1-B、图1-C、图1-D)。与正常组织相比,ADAM12、MUC3A和MUC17在多数癌症类型中的表达均被上调,包括胃腺癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、结肠癌(colon adenocarcinoma,COAD)和胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)等(图1-E至图1-J)。
2.2 ADAM12、MUC3A和MUC17在正常组织中的表达
为阐明ADAM12、MUC3A及MUC17的表达是否具有组织特异性,利用HPA数据库信息得出三种基因在正常组织中的RNA表达情况(图2)。结果显示,ADAM12主要表达于胎盘组织,而在其他正常组织中低表达(图2-A),MUC3A在十二指肠、小肠和胆囊等消化道中RNA表达水平相对较高(图2-B),MUC17主要表达于小肠和十二指肠(图2-C)。
2.3 ADAM12、MUC3A和MUC17在GC中的GO与KEGG功能富集分析
GO功能分析结果显示,ADAM12、MUC3A和MUC17对免疫、代谢相关的BP、CC和MF均有影响(图3-A至图3-I)。KEGG功能富集分析结果表明,三种基因均参与了多种生物代谢过程、细胞黏附及信号通路激活(图3-J、图3-K、图3-L),其中,ADAM12显著富集在蛋白质代谢、黏着斑的形成、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)-受体相互作用及PI3K-Akt信号通路等,MUC3A和MUC17则主要涉及黏蛋白O-糖基化以及多种生物合成代谢过程。
2.4 ADAM12、MUC3A和MUC17表达量与不同临床病理特征的相关性
ADAM12、MUC3A和MUC17在GC样本中的表达量与性别、年龄、分期、分级和幽门螺旋杆菌(helicobacter pylori,HP)感染等临床病理特征的关系见表2,结果显示,ADAM12的表达与HP感染存在相关性,GC伴有HP感染的患者中ADAM12的表达量更高;MUC3A的表达主要与年龄、肿瘤组织学分级有关,G1、G2级和60岁以上的GC患者中MUC3A的表达量更高;另外,MUC17的表达与肿瘤T分期存在相关性。
2.5 ADAM12、MUC3A和MUC17在GC组织与癌旁组织中mRNA的表达
为进一步阐明ADAM12、MUC3A和MUC17在GC中的表达,采用q-PCR验证三种基因在GC肿瘤组织和癌旁组织中的mRNA水平表达差异,结果显示,肿瘤组织中三种基因的mRNA表达水平均明显高于癌旁组织,差异具有统计学意义(P<0.05)(图4-A、图4-B、图4-C)。
3 讨论
GC是我国常见恶性肿瘤之一,由于缺乏明显的临床指征,多数患者以晚期为主,预后不佳[11]。随着免疫治疗和靶向治疗的发展,嵌合抗原受体T细胞疗法(chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy,CAR-T)、抗体偶联药物(antibody-drug conjugates,ADC)及双特异性抗体(bispecifc antibodies,BsAbs)药物的出现,给GC的临床治疗带来了新的希望[12-15]。
去整合素金属蛋白酶家族(a disintergin and metalloproteases,ADAMs)是一类I型跨膜和分泌蛋白家族[16]。ADAM12作为ADAMs家族的一员,具有黏附作用和蛋白酶活性[17]。ADAM12分为跨模型(ADAM12-L)和分泌型(ADAM12-S)两种亚型,均参与了恶性肿瘤的生物学行为[18]。有研究表明,ADAM12通过催化或结合靶蛋白参与信号转导、细胞骨架解聚和微环境调控等多种生物学过程,在重塑肿瘤微环境、促进肿瘤细胞增殖和转移方面发挥着重要作用[19-22]。本研究探讨了ADAM12在GC中的表达水平及生存预后分析,发现其在正常组织中显著低表达(除胎盘组织),在GC中的表达明显增高,预示不良的生存结局。此外,慢性HP感染已被证实为非心源性GC的主要病因[1]。本研究发现ADAM12的表达与HP感染存在相关性,伴HP感染的肿瘤患者ADAM12的表达量更高。GO和KEGG功能富集分析发现,在GC中,ADAM12显著富集在蛋白质代谢、黏着斑的形成、ECM-受体相互作用和PI3K-Akt信号通路等,进而促进GC的生长和浸润。黏蛋白家族(mucins,MUCs)是一类分子量较大的糖基化蛋白家族,其广泛存在于正常机体的黏膜表面,在保护上皮、信号转导和调节免疫系统方面发挥着重要作用,也可参与多种疾病的发生发展[23-24]。有研究发现,MUCs可以参与细胞凋亡调控及免疫抗原提呈,促进肿瘤细胞的增殖及转移[25]。MUC3A作为MUC3的亚型,是一种膜结合黏蛋白。研究表明,MUC3A可通过参与磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路的激活,从而促进结直肠肿瘤的进展[26]。此外,MUC3A在非小细胞肺癌中上调,并可以促进肿瘤细胞DNA损伤修复和诱导肿瘤血管生成,导致侵袭性发病机制和不良预后[27-28]。本研究根据生物信息学分析结果和基础实验相互验证发现,MUC3A在GC中的表达量显著高于邻近正常胃组织,且G1、G2分级和60岁以上患者中MUC3A的表达量更高。MUC17作为一种跨膜黏蛋白,主要在消化道中表达,并可保护上皮细胞免受有害物质损伤[29-30]。MUC17可能与癌症的发病机制有关,已被证实在细胞黏附和迁移中发挥重要作用[31-32]。有研究发现,MUC17基因在复发性肺腺癌中发生了显著突变,并参与表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,ErbB)通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPK)通路和细胞周期通路的激活[33]。另外,MUC17可作为监测非小细胞肺癌表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitors,EGFR-TKIs)耐药性的生物标志物[34]。本研究发现,与正常胃组织相比,MUC17在GC中的表达量更高,并与肿瘤T分期有关。此外,MUC3A和MUC17主要涉及黏蛋白O-糖基化及多种生物合成和代谢过程。其中,O-糖基化是MUC常见的翻译后修饰之一,异常的糖基化与恶性肿瘤的发生发展、转移、浸润、免疫逃逸及耐药密切相关[35]。
综上所述,ADAM12、MUC3A和MUC17在GC中表达上调,且ADAM12与GC预后呈负相关关系,尽管MUC3A、MUC17与患者的OS无相关性,但二者的表达分别与肿瘤分级或分期有关;另外,三种基因在正常组织中表达量低,且在GC的进展中均发挥着重要作用。因此,ADAM12、MUC3A和MUC17或可为今后GC的精确靶向治疗和预后监测提供参考。
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